Подскажите, кто знает: если визу выдали на 3 года, а паспорт заканчивается через год: есть какая-то процедура переноса ее в новый паспорт? Япония

да, перенос визы. Либо можно просто с двумя ездить

А как с двумя, если старый будет недействующий? И теперь получается в консульство уже не пойти, надо в ВЦ идти?

Всё оформляете на новый, везде даёте новый; старый с визой даёте вместе с новым а) агенту авиакомпании на регистрации на рейс в Японию и б) пограничнику на японском паспортном контроле. Больше он нигде не понадобится.

По туризму всё в ВЦ

Въездой стикер для таксфри и предъявления где-либо (например полицейский остановит для проверки документов), пограничник поставит в новый паспорт, так что старый с визой можете там с собой не носить.