Подскажите, есть смысл пробоваться на мультивизу (в Японию), если загран менять через год? Это как-то влияет?

не влияет особо, можно виу переставить или ездить с двумя

Я просто в отдалённом регионе живу, мне придётся с новым заграном в тот же визовый центр ехать и ставить её туда?

К примеру вам дали мульти и первый паспорт закончился. У вас есть выбор либо отправить паспорта на перестановку визы, либо ехать в Японию с двумя(старым с визой и новый действующим).
https://www.ru.emb-japan.go.jp/itpr_ru/documents.html п.5