Здравствуйте.Имею 2 паспорта ,по одному влетела в Сербию, Шенген виза в другом паспорте ,по какому паспорту проходить онлайн регистрацию-там где виза?

В Шенген? Да, используйте тот, в котором виза стоит

Да,Франция.На паспортном контроле давать тот. По которому влетела?верно?

На паспортном контроле тот, где виза. При регистрации на самолет тоже тот, где втза, вы там заполняете номер визы. Сербским пограничникам при вылете - тот, по которому влетали в Сербию.